Στις αρχές του 6ου αι. μ.Χ., πάνω στα ερείπια των οικιών Γ, Η και ΣΤ, ιδρύεται το κτήριο Ε. Δεν πρόκειται για αυτόνομο οικοδόμημα αλλά για μια νέα πτέρυγα του λίγο παλαιότερου κτηρίου Ζ. Τα δύο κτήρια συνθέτουν ένα εντυπωσιακό συγκρότημα, επιφάνειας πάνω από 5.000 τ.μ., μοναδικό στην Αθήνα της εποχής αυτής. Το μέγεθος και τα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά του δεν αφήνουν αμφιβολία ότι ο ιδιοκτήτης του είναι σημαντικό πρόσωπο της αθηναϊκής κοινωνίας, το οποίο διαθέτει πλούτο, δύναμη και εξουσία.

Το κτήριο Ε αναπτύσσεται σε ορόφους, από τους οποίους ο πάνω είναι ο κύριος χώρος διαμονής, ενώ ο κάτω, αυτός που διατηρείται σήμερα, είχε βοηθητική χρήση. Πυρήνας του κτηρίου είναι μεγάλη αψιδωτή αίθουσα, στην οποία ο οικοδεσπότης δέχεται το κοινό και παραθέτει γεύματα στους καλεσμένους του (τρικλίνιο). Η αίθουσα επικοινωνεί με τρίκογχο διαμέρισμα, ίσως ένα δεύτερο τρικλίνιο για τους στενότερους συνεργάτες του ιδιοκτήτη ή ένα παρεκκλήσι για την άσκηση ιδιωτικής λατρείας.

Η είσοδος στο κάτω επίπεδο γίνεται με έξι σκαλοπάτια που οδηγούν σε υπαίθριο προθάλαμο, από τον οποίο η κίνηση διοχετεύεται στους γύρω χώρους. Στο βορειοδυτικό άκρο ανοίγεται μεγάλη κυκλική αίθουσα-πύργος, αρχιτεκτονικό στοιχείο αρκετά διαδεδομένο στις επαύλεις της ύστερης αρχαιότητας, όχι απαραίτητα αμυντικού χαρακτήρα.

Το συγκρότημα καταστρέφεται στα τέλη του 6ου αι. μ.Χ. και λίγο αργότερα ο κάτω όροφος χρησιμοποιείται από εργαστήρια, που λειτουργούν τουλάχιστον μέχρι τον 8ο αι. μ.Χ. Στις εγκαταστάσεις τους ανήκουν αρκετές κατασκευές που είναι σήμερα ορατές στον χώρο.